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科研陷阱:实验结果分析篇01


本文转载自 实验万事屋 公众号,文末附有二维码。

原文题目: 27分的文献,告诉你在LowBee的路上越走越远……

有好多孩纸都迷信科研套路,(此处应有蜜汁微笑),科研有套路么?有的!这种套路能让你在LowBee的路上越走越远……

其实,如果你的逻辑过关了,那所谓的套路就自然而然地变成了思路。思路一旦清晰了,还愁什么课题呢?上次讲完(不知道的就点这里),我提了个问题:那是不是敲减或者过表达这个基因,就改变了表型的话,是不是就证明是这个基因对表型的产生起到了决定性作用呢?

然后答案稍微优秀点的,大概是这样:

虽然不是特别切中要害,但起码字打了很多。大家都举了这么个例子,就是大闸蟹的听力问题。

把大闸蟹的腿剁掉,它就听不到吼声了……这个命题可以说明一定的问题。你们感受一下:

敲除了Actin的(拔了螃蟹的腿)话,肿瘤细胞(螃蟹)是不是也会死亡(丧失听力)呢?那Actin应该就是致癌基因(螃蟹的耳朵就长在腿上)。

一般的LowBee文献大概也就到这一步就差不多结束了。大家会把基因和肿瘤相关的关联性联系起来,但是却不能分析出造成这种表型的潜在表型(是什么具体原因造成的细胞死亡,或者说螃蟹的听力到底是哪里起了作用)。比如Actin,本身就是细胞生存所必须的看家基因,敲掉后,细胞无法维持生存,所以死亡,故不能算是致癌基因。螃蟹的腿也一样……

还是举那篇Cancer Cell(IF=27)上的文献,看看人家是怎么具体讲清楚的。

首先他们证明了LncRNA与肿瘤发生的相关性,然后他们分析了与肿瘤产生相关的表型——LncRNA导致细胞分化抑制肿瘤形成。

在分析了基因与肿瘤的相关性后,又进一步用共变法来分析了该基因的下游基因,用求同的聚类法分析出信号通路,然后发现细胞分化相关信号通路的变化。然后,直接用柯霍氏法则来分析基因与神经细胞分化(潜在表型)之间的关联性。

从而推导出XX基因通过造成XXX表型,对肿瘤形成产生影响。

你要清楚的是,一般LowBee文献中所描述的肿瘤的死亡、凋亡,并不一定能作为基因对于肿瘤所产生的真正表型,还需要进一步分析潜在的表型,才能进一步验证,让你的蚊帐走上一个台阶。当然,实际上这样的分析也是有不足之处的,但总比你的LowBee套路,强过了百倍了。以上。

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