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BugBase软件及FAPROTAX软件推荐

根据16S预测微生物群落功能最全攻略:https://mp.weixin.qq.com/s/2PPH3trUQYOWwNrEOGu1WQ

如何用FAPROTAX预测微生物群落功能:https://mp.weixin.qq.com/s/eVjHdDhSq5JJZANHjiJhUA

FAPROTAX官网链接:http://www.zoology.ubc.ca/louca/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Instructions

FAPROTAX使用案例——NBT封面:水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用: https://mp.weixin.qq.com/s/VBGHh-1PVSyvVn8fv85Vyg

BugBase软件

用于预测细菌七大表型。

BugBase是Dan Knights课题组开发的用于对微生物组数据进行高水平表型(high-level phenotypes)分类的工具,目前相关文章正在整理之中,但该工具已开放,可免费使用(bugbase.cs.umn.edu/index.html)。
该工具可对微生物群落根据 七类表型进行分类:革兰氏阳性(Gram Positive)、革兰氏阴性(Gram Negative)、生物膜形成(Biofilm Forming)、致病性(Pathogenic)、移动元件(Mobile Element Containing)、氧需求(Oxygen Utilizing,包括Aerobic、Anaerobic、facultatively anaerobic)及氧化胁迫耐受(Oxidative Stress Tolerant)
输入由Greengenes数据库分类后的OTU表格(BIOM格式),即可快速实现对上述表型的分类预测。
若同时输入Mapping文件还可以实现对分组变量的作图及统计比较分析。
目前有在线网页版(bugbase.cs.umn.edu/upload.html,数据<15M适用)和线下安装版(bugbase.cs.umn.edu/downloads.html,>15M适用)。

FAPROTAX软件

用于预测细菌约90种功能。

FAPROTAX取词自Functional Annotation of Prokaryotic Taxa,是Louca等人为解析微生物群落功能于2016年创建的基于原核微生物分类的功能注释数据库,文章发表在2016年的Science上(Louca et al. 2016)
FAPROTAX是基于目前对可培养菌的文献资料手动整理的原核功能注释数据库,其包含了收集自4600多个原核微生物的约90个功能分组(如硝酸盐呼吸、产甲烷、发酵、植物病原等)的7600多条功能注释信息。
作者编写了一套python脚本来运行预测,输入文件格式可以是SILVA或Greengenes数据库生成的OTU分类表或BIOM文件。
相关资料下载地址:http://www.zoology.ubc.ca/louca/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Home。



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