^_^简约而不简单!欢迎来到梅卫平の阅览室!您是第 位访客^_^

🌱 VIP绿色通道

(一)常用检索: 1. JCR-IF查询路径一, 路径二, 路径三      2. CiteScore-IF查询     3. SCI期刊检索     4. 中科院分区查询路径一, 路径二     5. SSCI检索     6. ESCI检索     7. EI检索 (备用)     8. ISTP检索
(二)备用网址: 1. 梅斯SCI期刊智能查询     2. 论文被SCI收录情况查询方法     3. CSCD期刊检索     4. 中国知网检索     5. PubChem     6. ChemSpider     7. 科研者之家     8. 爱科研
(三)google/sci-hub镜像: 1. 谷歌学术镜像一, 镜像二     2. Sci-Hub有效域名一, 域名二     3. scihub_button (GitHub Link)     4. LibGen英文Book下载
(四)ESI检索&Nature Index查询: 1. ESI查询      2. Nature Index查询      3. Nature Index Journal列表
(五)基金查询入口: 1. 国自然官方查询     2. 国自然梅斯查询     3. 国自然科学网查询

BugBase软件及FAPROTAX软件推荐

根据16S预测微生物群落功能最全攻略:https://mp.weixin.qq.com/s/2PPH3trUQYOWwNrEOGu1WQ

如何用FAPROTAX预测微生物群落功能:https://mp.weixin.qq.com/s/eVjHdDhSq5JJZANHjiJhUA

FAPROTAX官网链接:http://www.zoology.ubc.ca/louca/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Instructions

FAPROTAX使用案例——NBT封面:水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用: https://mp.weixin.qq.com/s/VBGHh-1PVSyvVn8fv85Vyg

BugBase软件

用于预测细菌七大表型。

BugBase是Dan Knights课题组开发的用于对微生物组数据进行高水平表型(high-level phenotypes)分类的工具,目前相关文章正在整理之中,但该工具已开放,可免费使用(bugbase.cs.umn.edu/index.html)。
该工具可对微生物群落根据 七类表型进行分类:革兰氏阳性(Gram Positive)、革兰氏阴性(Gram Negative)、生物膜形成(Biofilm Forming)、致病性(Pathogenic)、移动元件(Mobile Element Containing)、氧需求(Oxygen Utilizing,包括Aerobic、Anaerobic、facultatively anaerobic)及氧化胁迫耐受(Oxidative Stress Tolerant)
输入由Greengenes数据库分类后的OTU表格(BIOM格式),即可快速实现对上述表型的分类预测。
若同时输入Mapping文件还可以实现对分组变量的作图及统计比较分析。
目前有在线网页版(bugbase.cs.umn.edu/upload.html,数据<15M适用)和线下安装版(bugbase.cs.umn.edu/downloads.html,>15M适用)。

FAPROTAX软件

用于预测细菌约90种功能。

FAPROTAX取词自Functional Annotation of Prokaryotic Taxa,是Louca等人为解析微生物群落功能于2016年创建的基于原核微生物分类的功能注释数据库,文章发表在2016年的Science上(Louca et al. 2016)
FAPROTAX是基于目前对可培养菌的文献资料手动整理的原核功能注释数据库,其包含了收集自4600多个原核微生物的约90个功能分组(如硝酸盐呼吸、产甲烷、发酵、植物病原等)的7600多条功能注释信息。
作者编写了一套python脚本来运行预测,输入文件格式可以是SILVA或Greengenes数据库生成的OTU分类表或BIOM文件。
相关资料下载地址:http://www.zoology.ubc.ca/louca/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Home。



<已有 次阅读>

由于本文作者水平有限,文中如有错误之处,欢迎大家批评指正!

① 本文仅代表作者个人观点,不代表任何其它立场,欢迎交流合作!

② 转载与分享请注明:本文源于 http://meiweiping.cn

^_^ 本文字数统计:622 字