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R包维护和升级方法-图文版

R包维护和升级方法(以basicTrendline包为例)

2020-11-24

R: Version 4.0.3
RStudio: Version 1.3.1093

第一步:Clone原始R包

从GitHub克隆当前版本R包(version2.0.3)

  • 进入并确定GitHub链接网址 https://github.com/PhDMeiwp/basicTrendline
  • 登录Github个人账号(为了后续Git Bash操作),
  • 在电脑本地新建文件夹并命名(比如“Update2020”),打开该文件夹,
  • 鼠标右键,“Git Bash Here”
  • 输入如下代码,克隆R包,完成后如下图
    git clone https://github.com/PhDMeiwp/basicTrendline.git
    
  • 然后在“Update2020”文件夹里会自动生成一个“basicTrendline”文件夹,打开该文件夹,查看里面内容,如下图:

第二步:删除不必要文件

  • 删除上图“basicTrendline”文件夹中“docs”文件夹和“README.md”文件,因为向CRAN官网提交R包不需要这两个文件,只有GitHub里用到了二者。

第三步:修改/新增R包中的相应文件

  • 用RStudio软件打开“basicTrendline.Rproj”,修改“R”文件夹、“DESCRIPTION”、及“NEWS”中的内容。
  • 在RStudio的“Files”中打开DESCRIPTION文件并修改/新增内容,见下图:
  • (本次直接将basicTrendline函数包从version2.0.3更新至version2.0.5版本)
  • 在RStudio的“Files”中打开NEWS文件并修改/新增内容(有些R包没有这个文件,请自行忽略)
  • 在RStudio的“Files”中打开“R”文件夹中“***.R”文件并修改/新增内容。
  • 本次主要更新是由于RStudio内置stats函数包中nls函数更新了内容,要求所有使用nls函数中非线性回归SelfStart参数的R包都需要更新(其实只要在使用SelfStart的function代码最后必须添加个省略号“…”即可!)

  • 将SSexp2P.R,SSexp3P.R,SSpower2P.R,SSpower3P.R文件中SelfStart的function中均添加“…”即可。然后对trendline.R进行微调,完成。


第四步:生成新R包并Check

  • 载入“devtools”函数包进行后续操作,代码依次如下:
    library(devtools)   #没有这个R包的话请先自行install
    # load_all()    #加载所有.R文件
    document()    #依据**.R文件中的注释自动生成对应的**.Rd文件(在man文件夹)
    build()    #生成basicTrendline_2.0.5.tar.gz文件到电脑本地
    
  • 生成的.tar.gz压缩包文件在“Update2020”文件夹中,
  • 点击“RStudio”之“Build”之“Check”,检查R包是否有报错,确保检查结果“0 errors | 0 warnings | 0 notes” 方可顺利上传并通过CRAN官网的检查。

第五步:submit更新后的_2.0.5.tar.gz文件到CRAN官网


第六步:上传更新后的R包到GitHub

  • 在“Update2020”之“basicTrendline”文件夹中重新添加“docs”文件夹和README.md文件。
  • 修改/新增“docs”文件夹里的“images”和“README.md”文件里的介绍内容。

  • (再次确认已登录个人Github账号),在“basicTrendline”文件夹中鼠标右键“Git Bash Here”,输入以下代码:

  • 途中会弹出对话框要求输入Github的用户名和密码,之后即可完成上传R包到Github。

    git init
    git remote add origin git@github.com:PhDMeiwp/basicTrendline.git
    git add .
    git commit –m “version 2.0.5”
    git push origin master –f
    
  • 上传完成后,在Github网站再确认一下是否上传成功,如下图。


以上。


附注

  • “basicTrendline”函数包是用来添加拟合曲线(含置信区间)的R包,目前version2.0.5版本内置拟合曲线包含7种(line2P, line3P, log2P, exp2P, exp3P, power2P, power3P)。
  • “basicTrendline”函数包使用方法请直接移步至 https://github.com/PhDMeiwp/basicTrendline 即可查看完整Examples。

  • 如果您愿意的话,欢迎在您的学术论文中引用“basicTrendline”包,引用格式如下:
    Mei W, Yu G, Lai J, Rao Q, Umezawa Y (2018) basicTrendline: Add Trendline and Confidence Interval of Basic Regression Models to Plot. R package version 2.0.5. http://CRAN.R-project.org/package=basicTrendline

祝君:论文多多,基金多多;工作顺利,生活美满。



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