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基金申请

科学网十年,“专题”荟萃 http://blog.sciencenet.cn/blog-651374-1028574.html “基金申请”专题 http://fund.sciencenet.cn/?id=781

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期刊与投稿

Part I: 综合网址 List 1. 上海华乐丝网站 http://www.wallaceediting.cn/blog/publish 2. 上海Editage Insights 投稿与同行评审 http://www.editage.cn/insights/categories/submission-and-peer-review 3. 科学网十年,“专题”荟萃 http://blog.sciencenet.cn/blog-651374-1028574.html ☆☆☆☆☆

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论文写作经验

Part I:《我的个人经验》 0. 推荐2个综合网址: 论文写作 http://news.sciencenet.cn/news/sub18.aspx?id=747 科学网十年,“专题”荟萃 http://blog.sciencenet.cn/blog-651374-1028574.html ☆☆☆☆☆ 1. 引用1篇文献时,somebody reported something. 但,引用两篇文献一个句子是,somebody(2011)and somebody(2016)have reported that ***. 2. 一句话在句末同时引用多个文献时,按照发表年份先后顺序排列 1992;2012,2016.

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不蒜子统计的 Bugs

两行代码 搞定计数,“不蒜子统计” 在码农界的江湖地位不容小觑! 十分感谢原作者“不如”免费开放源代码给大家使用,我的博文阅读次数目前也是使用它。

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进阶啦!若科研人用了这些东西

(本文于 2017-2-25 09:36 首发于 “科学网”) 【论文写作】一、个人学术身份ID:(每个人有唯一的学术身份ID,发表论文同时提交自己的ORCiD号或ResearcherID号,避免论文成果被他人盗用。)①ORCiD: https://orcid.org②ResearcherID: https://www.researcherid.com/

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多说评论即将关闭,Hexo博客用户看来得换回Disqus评论了

重要通知: 多说评论即将关闭 多说网 发表于 2017年3月21日 因公司业务调整,非常遗憾的向大家宣布多说项目即将关闭。 我们将于2017年6月1日正式关停服务,在此之前您可以通过后台的数据导出功能导出自己站点的评论数据。 对此给您造成的不便,我们深表歉意,感谢您的一路相伴。

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Hexo:给图标或图片添加链接网址和文字说明

这估计是程序员最不屑的技能,但对于非程序员的我来说,还是Mark一下代码以后备用吧。 目的: 访客鼠标移动至我的图片时,如果不能直接明白图片的意思的话,需要自动显示文字说明就方便多了, 另外,鼠标点击我的图片,即可弹出相应链接的网站,更方便了。

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Hexo:如何解决本地更新文件后无法在个人网站中显示

Hexo中,比如在本地新建了文件后,或者在本地更改了配置文件代码后, 在Hexo 根目录下运行 hexo g -d 后, 在本地Hexo/public文件和Hexo/.deploy_git文件中都可以(或已经)生成了相应的更新文件, 无法同步更新到个人网站,或者说推送到网络端失败, 怎么办?解决方案一例:

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Hexo:如何解决categories显示分类文件404出错

突然,不知哪里设置出错影响到了Hexo 的 分类功能 categories 也出错了,现象为: hexo/public/文件夹和 hexo/.deploy_git/文件夹内不再自动生成 categories文件夹, 同时,个人网站中点击 “分类”无法弹出相应分类窗口,而是出现404错误, 怎么办?解决方案如下:

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Hexo landscape 添加腾讯公益404帮助寻找失踪儿童页面

有时候,当我们打开自己博客,不小心在url中输入了错误的路径时,会出现默认的404页面,如下图: 爱心人士认为,404页面也是有十分重要作用的! 比如,将自己页面404错误页面设置为有爱的“腾讯公益404页面”,“一起帮助寻找失踪儿童,让宝贝回家”。

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hexo landscape中如何将导航栏设置为banner的底部

Hexo-Landscape主题中默认的导航栏内容(包括“主页”,“归档”等)被设置于Banner的顶部,但是,为了让访客在浏览网页是能更快地找到 导航栏 , 个人认为将其设置在 Banner底部 更加方便! 谷歌度娘都搜了一遍,并未发现有相关教程,因此,自己琢磨了一下,捣鼓出来了现在的效果,感觉还算可以,过程分享如下。

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在R中正确运行PERMANOVA and pairwise comparison及注意事项

(本文于 2016-10-16 14:15 首发于 “科学网”) PERMANOVA and pairwise comparison——样品组间差异显著性分析及事后两两比较。 (R软件结果与PRIMER 7及 PAST v3软件结果一致!!!) PERMANOVA - permutational ANOVA/MANOVA Analyses univariate or multivariate data in response to factors, groups or treatments in an experimental design. PERMANOVA can be used as a better ANOVA/MANOVA. Whereas ANOVA/MANOVA assumes normal distributions and, implicitly, Euclidean distance, PERMANOVA works with any distance measure that is appropriate to the data, and uses permutations to make it distribution free. It carries this generalisation through to include most of the options you would expect from modern ANOVA/MANOVA implementation. For example, new theoretical work allows the handling of complex unbalanced designs, also including covariables. PERMANOVA与ANOSIM(Analysis of similarities)等方法目的类似,即比较样品组间的差异显著性。例:对多组数据进行聚类分析后得到3个大类,但是想知道这3个大类之间的差异是否显著,即可用上述方法。 ANOSIM比较的是组内或组间距离的平均值;对于样本量大小变化很敏感,适用于样本在欧式平面(Euclidean space)中单个数据变化有重要意义的情况;另,ANOSIM对异质性数据(方差不齐)很敏感,方差不等的情况不宜使用。 PERMANOVA比ANOSIM更强大,比较的是各组重心之间的差异;对样本数N以及方差的齐次性要求不高,推荐使用。 以上论述依据推荐参考:Anderson M,Walsh D.(2013) PERMANOVA, ANOSIM and the Mante test in the faceof heterogeneous dispersions: What null hypothesis are you testing?. Ecological Monographs,83(4):557-574. Step1:数据填写方式如下图,及导入到R 其中, dune.fish.csv为6种鱼的某一指标(如体长SL/cm)的数据; dune.fish.env32grp.csv为6种鱼对应的3个分组,分组可以依据实际需要进行分类或者按照聚类结果(如对dune.fish.csv基于UPGMA算法进行聚类)进行分类。 1234dune.fish<-read.csv("~/dune.fish.csv")View(dune.fish)dune.fish.env32grp<- read.csv("~/dune.fish.env32grp.csv")View(dune.fish.env32grp)

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在R中正确运行ANOSIM——样品组间差异显著性检测及注意事项

(本文于 2016-10-6 19:42 首发于 “科学网”) R软件结果与PRIMER 7 及 PAST v3 软件结果一致!!! Analysis of similarities (ANOSIM) is a non-parametric statistical test widely used in the field of ecology. The test was first suggested by K. R. Clarke as an ANOVA-like test, where instead of operating on raw data, operates on a ranked dissimilarity matrix. ANOSIM(Analysis ofsimilarities)等可用于检验样品组间(不是种间)的差异显著性。比如对多组数据进行聚类分析后得到3个大类,但是想知道这3个大类直接的差异是否显著,可用ANOSIM方法(但一般情况更推荐用PREMANOVA方法)。 Step1:数据填写,及导入到R 其中,FishBio.csv为6种鱼的某一指标(如体长SL/cm)的数据; FishBio.backup.csv显示出了第一列为鱼的种类,第2列开始均为SL数据,但这个csv只是便于大家理解数据的含义,在编码过程中不使用; FishEnv.csv为6种鱼对应的3个分组,分组可以依据实际需要进行分类或者按照聚类结果(如对FishBio.csv基于UPGMA算法进行聚类)进行分类。注意事项:分组内容建议用字母表示,一定不能不纯数字表示!!!

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生物统计之梅想法①

统计学这个东西,确实,感觉一直处于混沌的状态,或者说是混沌初开的状态,让人着实晕乎。以下为个人观点,欢迎拍砖! 第一:Bonferroni法,并不是给P值简单除以个比较次数n;算法太难理解,就暂且不去纠结,可以直接用不同样本数的数据进行检验,比较得到p 值和Bonferroni 校正后的 p 值,“Bonferroni 校正后的 p值比 没校正的 p 值 更大” 的情况不少。

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MixSIAR in R:多变量同位素食物贡献率混合模型应用

R具体操作及说明请参阅: https://github.com/brianstock/MixSIAR/blob/master/vignettes/wolves_ex.Rmd#load-source-data MixSIAR用于分析: 在不同年份(或其他变量,如月份或不同海域等),不同捕食者,对应不同饵料生物的饵料贡献率范围(overall and every-year diet contribution percentage value)的计算模型。

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食物贡献率计算之【同位素混合模型】最新方法比较

(本文于2017-2-23 09:55 首发于 “科学网”) 目前,同位素混合模型得到迅猛发展,各模型均主要使用两种及以上的同位素(如碳,氮,硫等)来推算多种饵料生物对捕食者的食物贡献率,旨在不断优化同位素以外的各环境变量或生物变量对同位素的混合模型的潜在影响,从而使得食物贡献率的推算更加接近绝对真实水平。

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SIBER (SIAR package) in R:物种生态位重复度计算

(本文于 2016-5-27 00:10 首发于 “科学网”) 2018/02/01 updated 2017/10/05 updated 2017/3/24 updated 温馨提示:请确保您的 R软件(及R相关软件)安装的系统盘(e.g., C盘),这点十分重要! SIBER: Stable Isotope Bayesian Ellipses in R “SIBER” (SIAR package)这个SIAR套件的SIBER分析,主要是用来比较一个生态系统内不同种群之间的同位素生态位竞争的具体百分比值,等等。

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sair方法及R操作入门——稳定同位素之食物来源比例分析

(本文于2016-10-5 20:29 首发于 “科学网”) 在稳定同位素领域,20世纪70 80 年代开始,利用碳氮稳定同位素来研究食物网结构成为有力的技术手段,以弥补传统的胃含物方法中较难分析的空胃率较高的生物的缺陷。 在食物网研究中,主要包括食物来源和营养级的分析。其中,食物来源分析中严格来讲,1种同位素只能对应2种食物来源的分析,n种同位素相对应n+1种食物来源的分析。

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进阶之Hexo的landscape主题的README文件

基本操作步骤中文解释参考:小白独立搭建博客–Github Pages和Hexo简明教程 landscape主题作者的README.md文件链接 Jimxu的博文:hexo的landscape-plus主题添加不蒜子访客及访问量统计插件 M-x Chris-An-Emacser的博文:为Hexo添加Disqus最近评论支持——以Landscape类主题为例 SummerWinds的博文:主题修改 之 返回顶部按扭,已确认适用于Hexo Landscape主题,但原文少了gotop.js的代码,特此补充如下。

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Hexo发表文章通用内容部分的设置

如果每篇post.md文章内容都包含同一部分内容的话,比如在文首添加阅读量的通用代码: <span id="busuanzi_container_page_pv"> <table><tr><td bgcolor=darkred><font color=white><center> 本文总阅读量 <span id="busuanzi_value_page_pv"></span> 次</center></font></td></tr></table> </span> --- 可以将这部分内容代码直接copy-paste到 E:~\Blog\Hexo\scaffolds\post.md文件里面,则每次运行

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Hexo Landscape 如何自定义(添加)个性化导航栏

目的:帮助和我一样的小白菜们,在 Hexo Landscape主题网站中添加自己想要的导航栏(Home 和 Archives 以外的自定义项)。 换句话说就是: 我已经在我的Hexo博客中发表了名为 “联系方式” 的 post.md 文章,然后我想在导航栏添加 “Contact”项,点击导航栏直接打开Contact文章。

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Run ANCOVA correctly in R software

(本文于 2016-5-8 09:53 首发于 “科学网”) Briefly, covariance analysis (ANCOVA) is expressed in the R language as y ~ x +/* y0, where the variable is y, the covariate is y0, the independent variable is x. Then, go ahead code test.

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独立样本、配对样本及单样本 t 检验 样本数 至少每组多少为宜?

(本文于 2016-11-25 09:12 首发于 “科学网”) 姑且先不说 t检验前提要求数据服从正态分布,以下两点需要注意: 注意点一:一般来讲,希望有80% 以上的统计功效(Statistical Power Level)假设检验才有效。 注意点二:另外,效应量(Effect Size,或R语言中为delta),反映处理效应大小的度量。即,两样本平均数的差异,一般delta=1。

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决定系数R^2与调整决定系数adjR^2的相互转换计算方法

(本文于 2016-5-7 14:50 首发于 “科学网”) 一般线性或者非线性拟合等情况下, Origin 等软件可能会直接导出调整后的R^2(即adjR^2), R 等软件可能只导出 Residual Sum of squares(即SSE),或 Residual standard error 而不显示决定系数R^2(或者说相关系数 r^2 ), 但在发表论文时,可能会有需要把adjR^2转换成R^2,本文提供了二者相互转换的计算方法,相关引用在文末有注明。

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正确选择数据统计分析方法——多组数据比较

(本文于 2016-6-20 21:59 首发于 “科学网”) NB. New Post could not directly start with numbers in the main text. 对数据进行统计分析前,务必了解清楚分析方法使用的前提假设条件。 经 ANOVA(或 Kruskal-Wallis test)检验差异有统计学意义(alpha = 0.05),需要对每两个均数进行比较,需要采用上图所述“两两比较方法”,而不能直接对每两组数据进行t-test(或 Mann-Whitney U-test),因为会增加犯 I 类错误 的概率:

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文化传承

文化传承梅卫平 中华文化,源远流长,底蕴深厚,民族自豪! 炎黄子孙,国之脊梁,传承千秋,万代辉煌。