BugBase软件及FAPROTAX软件推荐

根据16S预测微生物群落功能最全攻略：https://mp.weixin.qq.com/s/2PPH3trUQYOWwNrEOGu1WQ

如何用FAPROTAX预测微生物群落功能：https://mp.weixin.qq.com/s/eVjHdDhSq5JJZANHjiJhUA

FAPROTAX官网链接：http://www.zoology.ubc.ca/louca/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Instructions

FAPROTAX使用案例——NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用： https://mp.weixin.qq.com/s/VBGHh-1PVSyvVn8fv85Vyg

BugBase软件

用于预测细菌七大表型。

BugBase是Dan Knights课题组开发的用于对微生物组数据进行高水平表型（high-level phenotypes）分类的工具，目前相关文章正在整理之中，但该工具已开放，可免费使用（bugbase.cs.umn.edu/index.html）。
该工具可对微生物群落根据 七类表型进行分类：革兰氏阳性（Gram Positive）、革兰氏阴性（Gram Negative）、生物膜形成（Biofilm Forming）、致病性（Pathogenic）、移动元件（Mobile Element Containing）、氧需求（Oxygen Utilizing，包括Aerobic、Anaerobic、facultatively anaerobic）及氧化胁迫耐受（Oxidative Stress Tolerant）。
输入由Greengenes数据库分类后的OTU表格（BIOM格式），即可快速实现对上述表型的分类预测。
若同时输入Mapping文件还可以实现对分组变量的作图及统计比较分析。
目前有在线网页版（bugbase.cs.umn.edu/upload.html，数据<15M适用）和线下安装版（bugbase.cs.umn.edu/downloads.html，>15M适用）。

FAPROTAX软件

用于预测细菌约90种功能。

FAPROTAX取词自Functional Annotation of Prokaryotic Taxa，是Louca等人为解析微生物群落功能于2016年创建的基于原核微生物分类的功能注释数据库，文章发表在2016年的Science上（Louca et al. 2016）。
FAPROTAX是基于目前对可培养菌的文献资料手动整理的原核功能注释数据库，其包含了收集自4600多个原核微生物的约90个功能分组（如硝酸盐呼吸、产甲烷、发酵、植物病原等）的7600多条功能注释信息。
作者编写了一套python脚本来运行预测，输入文件格式可以是SILVA或Greengenes数据库生成的OTU分类表或BIOM文件。
相关资料下载地址：http://www.zoology.ubc.ca/louca/FAPROTAX/lib/php/index.php?section=Home。

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