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标签:: PREMANOVA

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在R中正确运行ANOSIM——样品组间差异显著性检测及注意事项

(本文于 2016-10-6 19:42 首发于 “科学网”) R软件结果与PRIMER 7 及 PAST v3 软件结果一致!!! Analysis of similarities (ANOSIM) is a non-parametric statistical test widely used in the field of ecology. The test was first suggested by K. R. Clarke as an ANOVA-like test, where instead of operating on raw data, operates on a ranked dissimilarity matrix. ANOSIM(Analysis ofsimilarities)等可用于检验样品组间(不是种间)的差异显著性。比如对多组数据进行聚类分析后得到3个大类,但是想知道这3个大类直接的差异是否显著,可用ANOSIM方法(但一般情况更推荐用PREMANOVA方法)。 Step1:数据填写,及导入到R 其中,FishBio.csv为6种鱼的某一指标(如体长SL/cm)的数据; FishBio.backup.csv显示出了第一列为鱼的种类,第2列开始均为SL数据,但这个csv只是便于大家理解数据的含义,在编码过程中不使用; FishEnv.csv为6种鱼对应的3个分组,分组可以依据实际需要进行分类或者按照聚类结果(如对FishBio.csv基于UPGMA算法进行聚类)进行分类。注意事项:分组内容建议用字母表示,一定不能不纯数字表示!!!