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用于常规线性非线性拟合的R函数包(basicTrendline)介绍


CRAN官网链接: https://cran.r-project.org/web/packages/basicTrendline/index.html

使用过nls()来作非线性回归的朋友,感觉都要吐槽一下nls(formula, start = list(a = , b = )里面的起始值(a,b)的设定,n次都设不对是怎样一个感受?抓狂到想要放弃用R有木有?

其实我们只想要像excel里面添加趋势线那样简单,就能得到非线性回归方程的各个结果而已。

最新CRAN正式上线的R函数包——“basicTrendline” package 终于解决了这个问题。

先来看两张效果图(第一张为log线性回归,第二张为包含线性和非线性回归方程的组合图):

如果对线性回归和非线性回归的区分还模棱两可的朋友,请看此R包第三作者的这篇博文

log.png
Multilines.png


闲言太多,步入正题!

“basicTrendline”源代码直接点击 这里

R函数包”basicTrendline”到底用来干什么?

用于一步完成绘图,添加线性或非线性拟合线,在图上显示回归方程及R2和回归模型的p值(不是参数的p值)。 并且,它默认会同时输出模型summary()的结果,即各参数的具体数值及SD值,t值,p值等等。

一个严肃的问题:它结果可信吗?

  • 我们已经检测了我们的R函数包“basicTrendline”, 它工作性能稳定;
  • 更重要的是它的拟合结果和商业软件OriginPro完全相等
  • 甚至对幂函数power函数(y=a*x^b +c)比OriginPro软件更好
    (更高的R2,更低的p值,因为我们采取了优于Origin软件的selfStart计算方法)!

新R函数包-Steel.Dwass.test


大家现在可以在R软件中安装 Steel.Dwass.test 的函数包啦!

点击查看 Steel.Dwass.test函数包的安装方法

  • 我只是一个搬运工(将散落民间的Steel.Dwass.test函数编辑成可以在R软件中安装的package而已),代码并未投稿至CRAN,所以需要用github的方式进行安装此函数包

  • Steel.Dwass.test的函数代码:http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/Steel-Dwass.html

  • 源文献:Steel, R.G.D. (1961). Some rank sum multiple comparison tests. Biometrics 17, 539-552.

半更新时间与全更新时间的换算


Tieszen et al_1983.PNG

Tieszen L L, Boutton T W, Tesdahl K G, Slade N A. Fractionation and turnover of stable carbon isotopes in animal tissues: implications for δ13C analysis of diet. Oecologia, 1983, 57: 32-37.

(切记切记:半更新时间,表示的是 浓度y值增/减一半所用的时间,而不是达到100%转化所用时间的一半,即与全更新时间的一半没有关系)

99%更新时间表示为 t(99%)
半更新时间表示为 t(50%);依此类推。

用t(99%)代替全更新时间,足矣!

科研读音易错字


1. 潟湖(xì hú)

潟湖(误称”泻湖”由于”潟”字少见并被不少人认为是繁体字,其实不然):

被沙嘴、沙坝或珊瑚分割而与外海相分离的局部海水水域。

Venice_Lagoon_December_9_2001.jpg

潟,在汉语中是卤咸地之意,如《史记·货殖列传130》中载有“地潟”;《汉书》中载有“海濒广潟”,现较常见于日语,如新潟。

“潟湖”曾一度被写为“泻湖”(如1983年版《现代汉语词典》1276页),但在1996年版《现代汉语词典》中已重新规范为“潟湖”,

在该版本《现代汉语词典》1395页的“泻湖”词条中写道:“泻湖,潟湖的旧称[3]。”但仍有很多人把“潟湖”写成“泻(瀉)湖”。


源文献索引系列之稳定同位素篇


  • DeNiro and Epstein (1978) suggest that for “small organisms”, analysis of the “total animal” carbon will in most cases provide
    a better measure of diet than the analysis of individual tissues, biochemical fractions, or biochemical components.

  • DeNiro and Epstein (1978)建议:对于体重很小的生物来说,使用整个生物体(而不是生物体的某个组织,e.g., 筋肉)来测定碳同位素更准确。

源文献1: DeNiro M, Epstein S (1978) Influence of diet on the distribution of carbon isotopes in animals. Geochim Cosmochim Acta 42: 495-506.

谣言粉碎机






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推荐:

【拓展阅读】

果壳网谣言粉碎机里的文章可信度高吗?为什么?

自从看了果壳网对福岛变异辟谣的文章之后,我就再也不信果壳网了~给我的感觉是,一群人只是靠举例来说服人,整一个纸上谈兵的人,给出来的东西都是各种例子,却从没有详细的数据分析,只让人觉得,这里字不错,可惜的是,粉碎谣言并不是单纯举例,没有数据分析,举例再好,也只是一场辩论而已~~而之前看过核电站内部人士从实际出发,结合经验分析的福岛事故,全是数据~规范工整~所以,基本上我已经不相信果壳网了~因为,没数据光举例,无法可信。比如那个谣言粉碎机在辟谣福岛变异生物的时候说“福岛周围二十到三十公里外辐射已经正常。”就这一句话,一点数据都没有,怎么能相信的起来呢?多少辐射是正常?二十到三十公里内的辐射又是多少呢?一个屁都没,还算得上是辟谣?

年度时间表


(理工科版)


国家自然科学基金

https://isisn.nsfc.gov.cn/ http://www.nsfc.gov.cn/

百度百科

受理时间

从2002年开始,每年的2月15日开始受理当年的国家基金申请项目,3月31日截止。3月25日-31日在自然科学基金委办公楼安排集中受理(邮寄申请书及软盘以投寄日邮戳为凭,寄送到自然科学基金委相关的受理部门,软盘以快递方式投寄) 。

最终评审结果公布时间

8月中旬左右?


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